סדר היום בגן שילוב מותאם למטרות לשמו הוקמו גני השילוב, באופן שברוב שעות היום הילדים נמצאים בגן הגדול ובגן השילוב מקבלים הטרמה לנושאים שילמדו, עיבוד נוסף ושעות עבודה אינדיבידואליות תואמות למטרות הפדגוגיות והטיפוליות שנקבעו עבור כל ילד וילד.
הבקר נפתח בפעילות קבוצתית מכוונת לעבודה על מוטוריקה גסה וריכוז הבקר נותן הטרמה לנושא שילמד בריכוז בגן הגדול.
לאחר מכן הקבוצה עוברת ללמוד בגן הגדול וכמה ילדים נשארים בגן השילוב לעבודה אינדיבידואלית.
באמצע היום מתקיים ריכוז בגן השילוב המתמקד במיומנויות שפה או בתחום הרגשי ולאחריו שוב מתפצלת הקבוצה בין גן האם וגן השילוב.
את היום מסיימים בריכוז סיכום ופרידה בגן השילוב.
בגן השילוב אנו מקיימים גם שילוב הפוך, בו גן השילוב מארח את ילדי הגן הגדול לפעילויות מאתגרות כשעת אפיה ושעת סיפור טיפולי.